Studi ini ditujukan untuk mengetahui faktor-faktor yang secara signifikan menentukan ketimpangan ekonomi di desa-desa di Indonesia. Studi ini menganalisis data-data sekunder dalam periode 2000–2010 dengan menggunakan model first-difference. Ketimpangan dalam desa diukur melalui indeks Gini pengeluaran yang bersumber dari Peta Kemiskinan Indonesia 2000 dan Peta Kemiskinan dan Penghidupan Indonesia 2010. Faktor-faktor penentu ketimpangan diukur melalui berbagai indikator yang menggambarkan kondisi modal penghidupan di desa yang disusun dari data Sensus Penduduk 2000 dan 2010, serta data Potensi Desa 2000 dan 2011. Analisis heterogenitas juga diterapkan untuk melihat variasi ketimpangan antarkelompok wilayah, yaitu (i) antara Indonesia bagian barat dan timur dan (ii) antara Pulau Jawa dan non-Jawa, serta antarpola penghidupan. Studi ini menemukan bahwa sebagian besar indikator pembangunan ekonomi dan sosial berkorelasi dengan tingkat ketimpangan yang lebih tinggi. Pertumbuhan ekonomi desa, beragamnya sektor pekerjaan, keberadaan kompleks pertokoan, perbaikan akses masyarakat terhadap air minum layak, dan pembangunan saluran irigasi di desa, serta aksi kolektif masyarakat merupakan indikator-indikator yang secara signifikan berkorelasi dengan ketimpangan yang lebih tinggi. Hanya 4 dari 23 indikator berkorelasi dengan ketimpangan yang lebih rendah, yaitu (i) akses rumah tangga terhadap listrik yang lebih baik, (ii) rasio fasilitas kesehatan terhadap jumlah penduduk yang lebih kecil, (iii) rata-rata lama sekolah masyarakat desa yang lebih tinggi, dan (iv) keberadaan koperasi di desa. Hal ini menunjukkan bahwa upaya afirmatif diperlukan untuk pemerataan akses masyarakat terhadap layanan dasar dan kesempatan untuk memanfaatkan hasil pembangunan. Untuk mengendalikan ketimpangan dalam desa, diperlukan pula pemahaman mengenai hierarki sosial masyarakat desa yang berpotensi menghambat peningkatan kesejahteraan kelompok termiskin.