Pada Agustus 2016, The SMERU Research Institute (SMERU) melakukan studi dignostik terhadap sistem pendidikan di tingkat daerah (District Diagnostic Survey) yang meliputi (i) pemetaan pemangku kepentingan, (ii) analisis ekonomi politik atas permasalahan pendidikan yang dihadapi daerah, dan (iii) pemetaan kebijakan atau inovasi pendidikan di daerah. Studi diagnostik ini merupakan rangkaian awal persiapan Program Inovasi untuk Anak Sekolah Indonesia (INOVASI) yang merupakan bentuk kemitraan antara Pemerintah Indonesia yang diwakili oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan (Kemendikbud) dan Pemerintah Australia yang diwakili oleh Australian Department of Foreign Affairs and Trade (DFAT). Studi ini bertujuan menghasilkan bukti tentang apa yang berhasil (dan dalam situasi seperti apa) sehingga hasil belajar siswa di tingkat pendidikan dasar meningkat dan memfasilitasi pemanfaatan bukti tersebut untuk kebijakan pendidikan yang lebih berarti dan mengubah praktik ke arah yang lebih baik. 

Temuan penelitian ini memperlihatkan bahwa faktor utama yang bersentuhan langsung dengan proses pembelajaran murid di dalam kelas adalah guru, orang tua, serta sarana dan prasarana pengajaran. Dalam tugasnya sehari-hari, guru berperan sebagai pemberi pengajaran kepada murid di sekolah dengan memanfaatkan sarana pendukung yang ada, sedangkan orang tua berperan dalam mempersiapkan anak untuk belajar di sekolah dan membimbing anak di rumah di luar jam sekolah. Namun, di balik fungsi penting faktor-faktor tersebut, terdapat berbagai permasalahan yang membuat proses belajar-mengajar di kelas belum efektif, yakni kurangnya kualitas dan kualifikasi guru; kurangnya dukungan terhadap upaya peningkatan kapasitas guru; pandangan orang tua dan masyarakat yang belum sepenuhnya mendukung pendidikan anak; masalah sarana dan prasarana; kurangnya ketersediaan guru PNS dan distribusinya yang kurang merata; disparitas antarsekolah; masalah kesejahteraan guru, terutama guru tidak tetap (non-PNS); masalah kurikulum; dan kepentingan politik dalam kebijakan pendidikan di daerah. Berbagai persoalan tersebut sangat penting untuk segera diatasi, tetapi perlu diingat bahwa saluran pemecahan masalah yang ada harus melibatkan berbagai pihak dalam ekosistem pendidikan di tingkat lokal, di antaranya dengan meningkatkan fungsi dan kapasitas institusi yang selama ini belum berjalan dengan baik.